Город нуждается в героях. Тьма окутала Нью-Йорк в виде Шреддера и его зловещего Клана Футов, у которого имеется железный контроль над всеми, от полицейских до политиков. Будущее выглядит мрачным, пока из канализации не поднимается и не раскрывает своё предназначение четвёрка отверженных братьев — Черепашки-ниндзя. Черепашки должны работать вместе с бесстрашным репортёром Эйприл и её саркастическим оператором Верном Фенвиком, чтобы спасти город и разгадать дьявольский план Шреддера.
О’Нил, что ты делаешь?
А… молодец, убедись, что ракурс хороший.
— Быстро и незаметно, быстро и незаметно!
— Что это?
— Кажется, вспышка!
— Значит, они пришельцы?!
— Нет, что за чушь? Они черепашки.
— Что ещё ты мне о них расскажешь?
— Они ниндзя.
— Мы лучшие, братва. Мы как призраки в ночи. Настоящие невидимки.
— Что это было?
— Вспышка на камере.
— Без тебя ясно, что вспышка.
— Кто щелкнул вспышкой?
— По моим расчетам, это девушка.
— Да, и мы её убьем.
— Что?!
— Своей добротой, подарим ей цветы, засыпем комплиментами.
— Кто вы такие?
— Ну… мисс… Мы ниндзя.
— Мы мутанты.
— Вообще-то мы черепахи.
— И мы ещё подростки. Но мы можем говорить на взрослые темы…
— О, так, так, так… Значит, вы ниндзя, мутанты, черепахи и подростки?
— В вашей трактовке звучит глуповато.
— Добро пожаловать в нашу хижину, детка!
— Где это мы?
— Это наша крепость одиночества.
— Наш Хогвартс.
— Наша академия Ксавье.
— Новое поколение. Территория искусства. Чудо-арена.
— Мы, что, в канализации?
— Нет. Вообще-то, да…
— Да… Да, это канализация…
— … Ты, ты говорящая черепаха.
— Да, да, я говорящая черепаха. А ты баклан и зануда. Теперь когда мы это выяснили, трогай!
— О нет! Лео, Эйприл… и этот мужик… Они были такие юные, красивые…
— Эй, никто не погиб, придурок!
— Ну хорошо!
Первое правило моего учителя Йоши было — думай всегда правильно. Только это поможет тебе овладеть силой, знаниями, и найти успокоение. Я пытался изменить тебя, Рафаэль. Но чем больше тебе остаётся, тем больше злость затуманивает твоё сознание. Запомни, это твой непобедимый враг. Ты уникален среди своих братьев, ибо ты выбран для того, чтобы увидеть своего врага в одиночку. Но когда ты его увидишь — не забывай о них, и не забывай меня. Я здесь, сынок.