Вся территория Заповедника находится в зонах отчуждения и отселения Чернобыльской АЭС. Зоны охраняются от несанкционированного проникновения в нее людей, всех видов наземного транспорта и другой техники лесной охраной Заповедника с участием работников органов Министерства внутренних дел.